АНО ЦКБ Святителя Алексия является учебной и научной базой Российского национального исследовательского медицинского университета имени Н. И. Пирогова, Российской медицинской академии последипломного образования и Свято-Димитриевского училища сестер милосердия Департамента здравоохранения города Москвы.
На базе больницы работают 4 клинические кафедры:
Подписан договор с Российской медицинской академией непрерывного профессионального образования о том, что больница Святителя Алексия является клинической базой Академии по профессиональной подготовке, переподготовке и сертификации врачей.